Během pořizování územního plánu se může poměrně snadno stát, že dojde ke sporům mezi dotčenými orgány navzájem nebo mezi dotčeným orgánem a pořizovatelem ohledně toho, jak má být situace v území vyřešena. Pro tyto případy obsahuje stavební zákon § 55, kde se říká, že se rozpory řeší podle zákona č. 500/2004 Sb., správní řád. Pokud projednání vzájemného nesouladu nevede k vyřešení potíží, je zahájeno dohodovací řízení. Pokud se ani tam nenajde řešení, je potřeba se obrátit na nejbližší nadřízený správní orgán, který rozhodne. Pokud takový orgán není, řeší věc ústřední správní orgány (zpravidla ministerstva) opět v dohodovacím řízení, jehož výsledkem je dohoda, která nahradí stanovisko dotčeného orgánu.