Pokud krajský úřad smlouvu v přezkumném řízení zruší (§ 165 odst. 2 správního řádu), bude to znamenat její zánik. Závazky z ní také zaniknou a strany si budou muset vrátit, co si poskytly. Přiměřeně se pro toto vypořádání použijí ustanovení zákona č. 89/2012 Sb., občanský zákoník.
Jestliže budou v rozporu s právními předpisy jen některá ustanovení veřejnoprávní smlouvy, zruší se jen tato ustanovení, pokud z povahy veřejnoprávní smlouvy nebo z jejího obsahu anebo z okolností, za nichž byla uzavřena, nevyplývá, že je nelze oddělit od ostatních.