V průběhu pořizování územního plánu samozřejmě může dojít na různé neshody mezi pořizovatelem a určeným zastupitelem a je třeba vědět, jak při takovém konfliktu postupovat. Stavební zákon v § 49 odst. 3 proto říká, že názor pořizovatele je rozhodující z hlediska souladu návrhu s nadřazenou územně plánovací dokumentací, s právními předpisy a se stanovisky nadřízeného orgánu územního plánování a dotčených orgánů. Názor určeného zastupitele je určující ve zbývajících situacích.